La biblioteca dell’Istituto è specializzata in preistoria, paleontologia e geologia del Quaternario. Vi è inoltre una miscellanea comprendente circa 20.000 estratti, di interesse antiquario, di argomenti vari, legati alla paleontologia, geochimica, preistoria, scienze naturali e altro.
Consta di oltre 15.000 monografie e ca. 4000 fascicoli appartenenti a più di 70 periodici, oltre a una miscellanea di estratti di ca 15.000 pezzi. Il materiale è frutto di vari lasciti (A. C. Blanc, M. Follieri, L. Cardini e altri di minor consistenza numerica), oltre che di regolari acquisti e abbonamenti. Il catalogo è completamente digitalizzato. Negli ultimi anni la biblioteca si è arricchita grazie alla consistente raccolta di monografie e riviste di Aldo G. Segre, che, consistendo in migliaia di esemplari è ancora in corso di inventariazione.
Sono costantemente in corso nuove acquisizioni di collezioni e raccolte.
