Nei depositi di Anagni sono conservati i reperti paleontologici e archeologici provenienti dai siti in cui l’Istituto è intervenuto o di cui ha ricevuto donazioni, oltre 1300 fra Italia, Francia, Libia, Grecia, Spagna, Albania, Algeria, Tunisia, Etiopia, Eritrea. I reperti antecedenti il 1939 sono di proprietà dell’Istituto, mentre quelli posteriori appartengono allo Stato e sono in deposito presso l’Istituto per motivi di studio.
Gran parte delle collezioni di ogni sito consiste in piccole quantità di oggetti: manufatti archeologici, faune o campioni di sedimento.
