Il 1° maggio 1913 si costituiva ufficialmente a Firenze il Comitato per le Ricerche di Paleontologia Umana in Italia. L’iniziativa veniva presa, tra gli altri, da Gian Alberto Blanc e Aldobrandino Mochi in base a un principio fondamentale “… trasportare lo studio delle origini umane dal campo puro e semplice dell’archeologia preistorica, ad un campo molto più vasto, cioè a quello della ecologia…”, tanto che fu valutata la denominazione alternativa di Comitato per lo studio dell’Ecologia del Quaternario. D’altra parte, era palese il riferimento alle attività dell’analogo istituto francese (Institut de Paléontologie Humaine, Paris), che già da tempo intraprendeva ricerche archeologiche con impostazione naturalistica, promuovendo lo studio dell’umanità preistorica in relazione all’evoluzione dell’ambiente.
Il 27 gennaio 1927, il Comitato divenne Istituto Italiano di Paleontologia Umana e, a partire dal 1936, furono istituite numerose sezioni in diverse città: Firenze, Salerno, Roma, Pisa, Milano, Ferrara, Capri, Sardegna.
Nel 1954 la sede centrale venne trasferita a Roma, fino al 1963 presso locali dell’Università ‘La Sapienza’, mentre la sezione di Firenze si trasformava in Istituto Italiano di Preistoria e Protostoria.
Dalla fine degli anni ‘60 al 2011, la sede dell’Istituto è stata in Piazza Mincio a Roma. Con il trasferimento a Roma, nel 1954 venne fondata anche la rivista Quaternaria, per opera di Alberto Carlo Blanc (e attiva fino al 1981 come proprietà della stessa famiglia Blanc), le cui pubblicazioni sono state riprese nel 1990 dall’attuale Quaternaria nova; a partire dal 1970, sono stati inoltre pubblicati 6 volumi monografici di Memorie dell’IsIPU. Attualmente la sede legale è in un locale del Museo Civico di Zoologia di Roma, in Via Ulisse Aldrovandi 18, mentre la sede operativa, con laboratori, archivio, biblioteca e magazzini è presso il Convitto Nazionale Regina Margherita di Anagni, in Piazza Ruggero Bonghi 2.